A putrefactio az alkímiai rothadás művelete, amelyben a régi forma nem egyszerűen megsérül, hanem elveszíti korábbi tartását, hogy az anyag visszatérhessen teremtés előtti, termékeny sötétségébe. Lényege nem a pusztulás, hanem az, hogy ami már nem élő, az lebomoljon, és ne akadályozza tovább az új minőség megszületését. Lelki értelemben ez az a szakasz, amikor az ego régi szerkezetei, önképei és kötései bomlani kezdenek, miközben az ember ezt gyakran válságként, szétesésként vagy belső éjszakaként éli meg. A putrefactio kegyelme abban áll, hogy a halottnak hitt anyag mélyén már az újjászületés csírája készül.
